工程居间费用超过3%不违法。工程居间合同最高收费以合同当事人的约定为标准，法律并没有对此作出具体性规定。居间费是指在进行某项活动或纠纷中，居间人向委托人提供媒介服务，在提供服务的过程中合理向委托人收取的报酬。
《民法典》第九百六十一条
中介合同是中介人向委托人报告订立合同的机会或者提供订立合同的媒介服务，委托人支付报酬的合同。
第九百六十三条
中介人促成合同成立的，委托人应当按照约定支付报酬。对中介人的报酬没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条的规定仍不能确定的，根据中介人的劳务合理确定。因中介人提供订立合同的媒介服务而促成合同成立的，由该合同的当事人平均负担中介人的报酬。
中介人促成合同成立的，中介活动的费用，由中介人负担。
但是一般工程居间费数额都比较大，如果不合理入账，很可能会导致建筑企业陷入税务风险。
不合理入账导致税务风险的细节：
1.公对私转账：当居间人的主体是个人时，企业不能公对私转账，否则企业财务难以对账。
2.税务风险：如果企业无法从居间人（个人）处取得服务发票，部分企业选择从第三方虚开发票，导致企业经营的税务风险增高。
3.居间人逃税：如果居间人负税过高，选择了逃税，被查出逃税事实后，会牵连到企业。
上海薪给力灵活用工提供的合理入账解决方案：
1.企业入驻上海薪给力灵活用工平台，通过平台签订服务合作协议。并通过平台分配任务以及结算工程居间费，平台基于真实业务关系，为企业提供业务流、资金流、合同流，发票流、信息流五流合一的发票以及完税证明。
2.居间人通过上海薪给力灵活用工合作的税收优惠园区注册成为个体户或者一般纳税人，可以享受优惠政策的核定个税（0.3%-6%），并通过平台代开发票，实现建筑企业与居间人双赢。
